В отношении тюрко-татарских народов политика Бориса Годунова была прямым продолжением политики Грозного. Судьба поставила русское племя в тесное прикосновение со всеми группами татарских племен. В отношениях Москвы к европейской группе татар во времена царей Федора и Бориса исходной точкой служило завоевание Москвой Казани и Астрахани. Выйдя Волгой на Каспийское побережье и освоив Среднее и Нижнее Поволжье, Москва окончательно ликвидировала татарскую власть в этих местностях, создав из Астрахани угрозу и татарским народам кавказской группы. К такому политическому успеху Москвы турецко-татарский мир не мог отнестись безучастно и спокойно. Грозному предъявляли разного рода претензии и требования как турецкий султан, так и крымский хан. Москве грозили войной и возмездием. Турки собирались от Азова по Дону добраться до «переволоки» на Волгу (у нынешнего Царицына) и идти отбирать Астрахань; однако эта сложная затея им не удалась. Татары из Крыма грозили самой Москве и в 1570-х годах сделали несколько попыток до нее добраться. Однажды только (в 1571 г.) им удалось подойти к стенам русской столицы, пожечь посады и побить много народа. Москва «наполнися сеченых во всех улицах от конца до конца», по выражению Палицына; но московские цитадели не были взяты, и татары ушли. Это был при Грозном самый страшный набег; остальные не проникали далеко от южных границ в глубь государства. Умудренная горьким опытом, Москва усиленно укрепляла свои южные рубежи и заселяла Дикое поле на южных окраинах. В своем месте мы расскажем, насколько планомерна и действительна была эта работа по укреплению и заселению юга. Она привела к тому, что татарские набеги на самую Москву стали неисполнимы. В последний раз крымцы пробрались было к Москве в 1591 году, по тотчас же и убежали назад с большим срамом. Под стенами Москвы встретила их в боевом порядке целая армия, стоявшая в подвижном полевом укреплении, «гуляй-городе». Она не допустила татар к стенам города и грозила им сама нападением. Хан оставался под Москвой менее суток и «побежал», никуда не уклоняясь для добычи, прямо домой: «Которою дорогою пришел, тою же дорогою и назад вышел». Русские преследовали татар; вернулась их в Крым лишь третья часть, и сам хан приехал в Бахчисарай бесславно – ночью в телеге раненый: видели, что левая рука у него была подвязана. Отражение хана от Москвы было обращено Годуновым в большую победу. Сам Борис, державший начальство над поиском вместе с князем Ф.И. Мстиславским, получил чрезвычайную награду (между прочим города в Важской земле и звание «слуги», которое почиталось «честнее боярского»). Щедро награждены были и другие воеводы. На месте «гуляй-города» был основан так называемый Донской монастырь. Хотя на следующий год (1592) татары жестоко разорили рязанские и тульские места, однако общий характер отношений к Крыму определился в пользу Москвы. В Москве не было страха перед Крымом, и московское правительство, не озираясь на Крым, свободно действовало против других татар. Так ногаи были приведены в подчинение Москве и сами сознавались, что уже «учинились в воле государя московского: чья будет Астрахань, Волга и Яик, – говорили они, – того будет и вся Ногайская Орда». Также решительно отваживалась Москва наступать и на татар кавказской группы, хотя здесь на первых порах ожидала ее чувствительная неудача.

Выход на Каспийское море открыл для Московского государства возможность непосредственных сношений с Кавказским и Персидским побережьем и с среднеазиатскими ханствами. В самую пору завоевания Казани и Астрахани, в 50-х годах XVI века, начались операции московских ратей на Северном Кавказе. Кабардинцы тогда уже вошли в зависимость от московского государя; Грузия тогда уже обращалась за помощью к Москве. В 1567 году русские поставили на реке Тереке город – Терский острог; он должен был служить базою для действий в Кабарде в помощь князю Кабардинскому Темрюку (на дочери которого женился Грозный). Город не устоял, был брошен, снова появился в 1578 году и снова не устоял: «Царь для брата своего Селим-салтановой [Турецкого] любви тот город велел отставить и воеводу и людей своих оттуда велел отвести». Турки ревниво оберегали сферу своего влияния на Кавказе и не только требовали удаления с Терека государевых людей, но жаловались московскому царю и на вольных московских казаков, которые «гуляли» и «воровали» на Тереке. Казаки были там в значительном числе и досаждали всем местным владетельным князькам своими разбоями и насилиями. Но они же служили при случае и великому государю Московскому и его союзникам, грузинским владетелям; например, они «стояли у Александра-царя [Кахетинского] летом по щелям в горах от Шевкала [Дагестанского] на сторожах». Поэтому Москва в отношении казаков держалась здесь обычной своей манеры: она их бранила и обзывала «ворами» в дипломатических сношениях с турками и с кавказскими князьками, но не «унимала» на деле и готова была пользоваться ими для своих целей колонизации и завоеваний. Переговорами о Терском городе и о терских казаках и начал Борис сношения своего правительства с Кавказом и турками, «чтоб на Терке казаки не жили», «чтоб ни один казак на Терке и на Дону у Азова не был» и чтобы государь «город на Терке велел разметати и воевод и людей своих с Терки всех свести велел». Московские послы все это обещали, а московская власть ничего исполнять не намеревалась. Напротив, московское правительство крепило свои связи с христианским Закавказьем и подумывало встать твердой ногой в Грузии, где боролись влияния московское, турецкое и персидское. По-видимому, Борис рассчитывал воспользоваться борьбой за Персию турок и персиян и, помогая последним, сначала ослабить турок, а затем справиться и с персиянами. Вмешательство Москвы в кавказские дела формально оправдывалось тем, что православная Грузия искала защиты у Москвы против своих врагов. В 1586 году кахетинский «князь» или «царь» Александр прислал в Москву сказать, что он «сам своею головою и со всею своею землею под кров царствия и под царскую руку рад поддается»; а из Москвы ему ответили, что царь Федор Александра-князя «под свою царскую руку и в оборонь хочет взять». С тех пор открытой заботой московского правительства стало обеспечение и укрепление пути из Астрахани в Грузию. На Тереке кроме старого городка «на устье Сунчи-реки» построили новый город «на устье Терском». Гарнизон этого города должен был стеречь дорогу из Руси в Закавказье, а кроме того, не «перепускать» турок через Терек на персиян. Завязавшиеся с Грузией сношения показали, что ближайшим врагом для союзных Москвы и Грузии были не столько сами турки, сколько местный мусульманский владетель Шевкал или Шамхал Тарковский, владения которого в Дагестане закрывали дорогу в Грузию из Астрахани. Против него Борис дважды снаряжал войско. В 1593 году воевода князь Андрей Иоаннович Хворостинин был отправлен для того, чтобы в «Шевкальской земле» построить два города и укрепиться в них. Первый город, на реке Койсу, поставить удалось, а второй (южнее – в Тарках) «поставить не дали»: русское войско было разбито и оставило на поле битвы до 3000 человек; «сами же воеводы с оставшими людьми утекоша». В 1604 году попытка утвердиться в земле Шевкала была повторена, но окончилась еще печальнее. Воевода И.М. Бутурлин завоевал г. Тарки и остался в нем, но весной 1605 года турецкие войска вместе с Шевкалом осадили его там. Бутурлин капитулировал на условии свободного возвращения на Русь. Условие, однако, не было соблюдено: вся русская рать была избита, когда вышла из крепости. Погибло более 7000 человек и в числе их сам Бутурлин. Наступившее затем в Московском государстве междоусобие на время прекратило сношения с Кавказом: и на Тереке, и в Астрахани «от воров от казаков стала смута великая», и Москва утратила своих друзей на Северном Кавказе.

В отношении татар сибирской группы правительству Бориса Годунова пришлось заново начинать дело покорения, заглохшее со смертью знаменитого «велеумного атамана» Ермака. После гибели Ермака Сибирское царство, захваченное им, вернуло свою независимость: в августе 1584 года русские покинули город Сибирь, и в нем снова сели ханы. Казалось, сибирская авантюра казаков прошла без следа. Но московское правительство решило не упускать из своих рук Сибирской земли. В том же 1584 году оно представляло дело цесарю так, что-де «сидят в Сибири государевы люди, и Сибирская земля вся, и Югра, и Кондинский князь, и Пелымской князь, вогуличи и остяки, и по Оби по великой реке все люди государю добили челом и дань давать почали… соболи и черные лисицы». Когда в Москве узнали об оставлении Сибири, ее решено было возвратить: в начале 1586 года туда была послана рать. По московскому обычаю, страну осваивали посредством «городов», то есть крепостей. Придя на место к лету 1586 года, воеводы начали ставить города: на реке Туре – город Тюмень, на реке Иртыше – Тобольск. Тобольск находился вблизи г. Сибири; оттуда воеводы «добыли» Сибирь, захватили хана Сейдяка и его город запустошили (1588). С тех пор «старейшина бысть сей град Тоболеск, – говорит летописец, – понеже бо ту победа и одоление на окаянных бусормен бысть, паче же и вместо царствующего града причтен Сибири». Кругом этого «стольного града» Тобольска шла некоторое время борьба с татарами, мечтавшими прогнать русских назад; но эта борьба скоро показала, что перевес сил окончательно перешел на русскую сторону. Русские города росли почти ежегодно. На путях в Сибирское царство и на важных стратегически пунктах стали Пелым (1593), Нарымский острог (1596), Кетский острог (1596), Верхотурье (1598), Туринский острог (1600), Томск (1604). На севере от главного пути колонизации Сибирской тогда же возникли города: Березов (1593), Обдорск (1593) и Мангазея (1601). Свою новую колонию, царство Сибирское, Москва оберегала от чужой эксплуатации. Когда англичане просили о разрешении ездить морем в Печору и Обь (1584), московское правительство ответило им, что «пристанищ морских в тех местах нет и приставать тут не пригодится; а лише в тех местах ведутся соболи да кречеты, – и только такие дорогие товары, соболи и кречеты, пойдут в Аглинскую же землю, и нашему государству как без того быть?». В этом риторическом вопросе лучшее объяснение того, что ценила и чего искала Москва в Сибири.