В XIX веке слово «хер» стало использоваться как эвфемизм, из-за чего мы до сих пор относимся к нему с осторожностью.
Второе значение появилось даже в словарях, но при этом слово «хер» и его производные не считаются матерными словами.
В толковом словаре С. А. Кузнецова указано, что:
«Похерить — Разг. Убрать или спрятать; воспрепятствовать ходу, осуществлению, реализации чего-либо. Похерить изобретение. Похерить последний абзац. Справка где-то похерена».
Обратите внимание, что слово относится к разговорной речи и не может быть использовано в официально-деловом общении.