Не будучи востребованным в госуправлении после прихода к власти нового поколения – уже не «ясинских», а «питерских» либералов – Алексашенко стал осваивать новую для себя, коммерческую стезю, став заместителем гендиректора («управляющим директором») потанинского холдинга «Интеррос» по стратегическому планированию. Однако, по некоторым сообщениям, его достижения на этом посту за довольно длительный период – с октября 2000 по 30 июня 2004 года – ограничились срывом нескольких важных сделок из-за высоких амбиций, что испортило отношения с акционерами.

Весьма громким оказался скандал, связанный с блокированием ФСБ попытки «Интерроса» погасить долг ОАО «Пермский моторный завод» перед Пенсионным фондом не деньгами, а 37 % акций ОАО «Пермские моторы». А чтобы повысить стоимость этого пакета акций (так как все активы «Пермских моторов» стоили вчетверо меньше погашаемого долга), «Пермским моторам» предполагалось передать весьма ценные активы: 51 % акций НПО «Искра» и исключительные права на «результаты интеллектуальной деятельности» «Пермского моторного завода», то есть на его двигатели, приносившие, по оценкам, миллионы долларов в год.

Эта сделка, одобренная Российским авиационно-космическим агентством и тогдашним вице-премьером Клебановым, могла привести к потере государством значимых активов. Ведь Пенсионному фонду нужны деньги, а не имущество, – и он, скорее всего, продал бы их и, вероятно, дешевле реальной стоимости. Не исключено, что тому самому «Интерросу», который продвигал эту сделку и заместителем гендиректора которого был Алексашенко. «Коммерсант» назвал сорванную ФСБ операцию «залоговым аукционом наоборот».

Руководство стратегическим планированием «Интерроса» способствовало глубокой интеграции Алексашенко в структуры бизнес-империи Потанина: с февраля 2001 по июнь 2003 он был членом совета директоров «Норникеля», с марта 2002 по июнь 2004 – «РУСИА Петролеум», с июня 2002 по январь 2004 года – «Росбанка». С июня 2002 по июнь 2004 года Алексашенко возглавлял советы директоров ОАО «Силовые машины» и девелоперской компании «Открытые инвестиции», с сентября 2003 по июнь 2004 – ЗАО «Новая городская инфраструктура».

Понятно, что с уходом из «Интерроса» все эти позиции были потеряны одним махом.

В 2004 году Алексашенко возглавил инвест-компанию «Антанта-капитал», нацеленную на рискованный, но при этом высокодоходный бизнес: спекуляции с низколиквидными акциями «второго эшелона». Это было теоретически правильной идей, но в неудачное время, – в то время происходили либерализация рынка акций «Газпрома» и реформа электроэнергетики, предоставлявшие инвестору практически гарантированные возможности получения высоких доходов.

Вероятно, поэтому через два года Алексашенко расстался с бенефициаром «Антанта-капитал» скандально известным «франко-израильским» бизнесменом Гайдамаком и в апреле 2006 года возглавил московское представительство «Меррил Линч», входящего в пятерку инвестиционных банков США. После открытия им в России дочернего банка «Меррил Линч Россия» стал его президентом. Интересно, что и этот инвестиционный бизнес он тихо покинул (по его словам, в связи с изменением стратегии банка) тоже через два года, в апреле 2008, – и больше его в эту сферу уже не приглашали.