Название XVII века.

В середине XVII века царский Потешный двор из села Ваганькова (см. Староваганьковский переулок) был переведен на Пресню. Эти выселки получили название Новое Ваганьково. Здесь жители поставили деревянный храм Николая чудотворца, в XVIII веке замененный каменным, в начале XX века перестроенный.

Первоначально переулок назывался Нововаганьковским; после перестройки церкви его стали называть Никольским, но так как в Москве оказалось более десятка переулков с таким названием, к нему вернулось прежнее.

Пребывание здесь Потешного двора оставило след в старой московской поговорке: «Скоморох с Пресни наигрывал песни».

В 1939 году Нововаганьковский переулок был переименован в переулок Павлика Морозова (1902—1932) – пионера, в период коллективизации донесшего, как утверждала советская пропаганда, на отца – председателя сельсовета, что он помогает кулакам в их борьбе против колхозного строительства, за это мальчик был убит кулаками. Поступок Павлика Морозова ставили всем пионерам в пример и призывали подражать ему.