Название XVI—XVII веков.
Переулок назван по слободе соборных звонарей.
На Руси всегда ценилось искусство колокольного звона, среди звонарей были подлинные мастера своего дела, пользовавшиеся большим уважением. Как всякое ремесло, звонарское также имело свои секреты, требовало учебы, поэтому вполне закономерно в XVI—XVII веках возникла слобода звонарей главной московской колокольни – Ивана Великого и кремлевских соборов.
Храм в этом переулке (настоящее здание построено в конце XVIII века и представляет собой замечательный памятник стиля барокко) носит название Святого Николая чудотворца, что в Звонарях.
Переулок в 1932 году был переименован из-за своего церковного названия во 2-й Неглинный.