Название XVII—XVIII веков.

Переулки названы по церкви.

Склон холма от Маросейки к Яузе с XVI века был собственностью государей. Здесь находились царские сады, конюшни и загородная царская усадьба: Иван III после пожара 1494 года жил в ней некоторое время. Рядом находился загородный двор московских митрополитов.

Возле царских конюшен в XIV веке была построена деревянная церковь, в 70-х годах XVII века заменена каменной, затем перестраивалась в XVIII—XIX веках. Закрыта в 1927 году, частично разрушена, в настоящее время отреставрирована, находится под охраной государства как памятник архитектуры.

Главный престол церкви – во имя Живоначальной Троицы, но, как это часто наблюдается в Москве, она стала более известна по приделу во имя Трех святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста.

В 1924 году Трехсвятительские переулки были переименованы в Большой и Малый Вузовские.

Поводом для переименования послужило то, что в одном из соседних переулков – в Петроверигском – тогда открылось новое высшее учебное заведение (по принятому в первые революционные годы сокращению в аббревиатуры – ВУЗ) – Коммунистический университет национальных меньшинств Запада им. Ю. Мархлевского.