В период с 1586 по 1605 год в армии Египта произошло пять мятежей, причинами которых стали недовольство оплатой и дарами или возмущение попытками наместника прекратить злоупотребления. Египет, как и другие османские территории, в те времена страдал от инфляции, вызванной притоком серебра из испанской Америки. Следовательно, шло обесценивание национальных серебряных монет. Войскам, вероятно, было очень тяжело. В 1605 году взбунтовавшиеся кавалеристы убили наместника. Его преемник, Мухаммед-паша, подавил восстание с помощью местных войск и мамлюков и за четырехлетний срок своего пребывания в должности попытался реформировать администрацию. Его преемники, как правило остававшиеся у власти только год или два, все больше полагались на мамлюкских беев, которые сумели упрочить свое положение. В 1631 году мамлюки свергли наместника, предательски убившего одного из их лидеров, и на его место посадили своего каймакама. Султан в Стамбуле одобрил их решение. В последующие годы должность каймакама довольно часто становилась вакантной и всегда доставалась очередному бею мамлюков, так же как и должность дафтардара, которую раньше занимали только функционеры из Стамбула. Продолжала выплачиваться дань, вносились средства на общеимперские расходы, и периодически выделялись войска для службы за пределами Египта. Но суммы, выплачиваемые в качестве дани, уменьшались, очевидно, из-за уменьшения доходов, выделенных для этой цели.

Четверть века, до самой смерти в 1656 году, самым могущественным человеком в Египте был Ридван-бей, который занимал пост амира аль-хадж и за свою авантюрную карьеру неизменно расстраивал все попытки наместника и своих противников устранить его. Его сторонники среди мамлюков назвались Факария, а его противники — Касимия. В течение следующего века мамлюки оставались разделенными на эти две группировки, и обе активно искали союзников. В 1660 году беи Касимии вместе с наместником разгромили и казнили главных беев Факарии, но в 1662 году следующий наместник предательски убил лидера Касимии Ахмад-бея, который был боснийцем. В последующий период наместники сменяли друг друга, но влиятельные посты продолжали оставаться в руках мамлюкских беев.

В конце XVI века янычары, которые в это время уже являлись в основном местными уроженцами, стали в высшей степени недисциплинированными и одновременно политически активными. Бывший башодабаши, Кючюк Мухаммед, вероятно представлявший местных янычар, вел активную борьбу против старших командиров и в 1692 году организовал государственный переворот. Ему помогали беи Факарии. В 1694 году он был убит. То недолгое время, на протяжении которого он обладал фактической властью, Кючюк Мухаммед старался прекратить злоупотребления и не допустить взлета цен на зерно после неурожайного года. Янычары оставались влиятельными фигурами и после его смерти, но их привилегии и заносчивость вызвали неприязнь к ним других военных, особенно азапов (легкая пехота). В 1711 году имела место 70-дневная гражданская война между янычарами, поддерживаемыми беями Факарии, и их противниками, на стороне которых выступали беи Касимии. Она завершилась поражением янычар и гибелью их лидера, другого башодабаши по имени Афрандж Ахмад. Наместник, фактический пленник янычар, был свергнут и заменен каймакамом.

После этого события беи мамлюков стали единственными хозяевами Египта. Их обычно было двадцать четыре человека, и самого могущественного бея называли раис (лидер). Лидерство иногда делили между собой два или три бея. Османские наместники проводили политику поддержки любого раиса, который демонстрировал способность поддерживать стабильное правительство и готовность выплачивать дань Порте. В таких обстоятельствах вражда между домами ведущих беев стала важнее, чем ссоры между двумя группировками. Группировка Касимии пребывала на подъеме при Исмаил-бее, который был у власти с 1714 до 1724 года, когда пал от рук убийцы. Другая гражданская война в 1730 году привела к победе группировки Факарии, предводители которой соперничали за лидерство до тех пор, пока в 1744 году верх не одержал Ибрагим Кахиа. Он правил до 1754 года и дал Египту крайне необходимую ему передышку от беспорядков. Хотя он в 1748–1754 годах делил власть с главой другого мамлюкского дома, он был эффективным хозяином. Примерно с этого времени или чуть позже главный мамлюкский бей Египта стал называться шейх аль-балад. Ибрагим-бей направлял большую часть египетских доходов на поддержание собственного дома, который довольно скоро превзошел других и монополизировал самые важные посты до самой французской оккупации. Одновременно он оплачивал имперские расходы и отправлял очень полезные, хотя и уменьшенные суммы дани Порте, которая, благодаря этому, относилась к нему весьма благосклонно.

В частой борьбе между властями предержащими в Египте до и после Ибрагима Кахиа участвовали не только мамлюки и регулярные войска, но также арабы-бедуины, вооруженные сеиды и члены гильдий. Племя хаввара захватило контроль над Асьютом и Верхним Египтом при шейхе Хумаме (умер в 1769 году), который имел репутацию благородного человека, но тем не менее не брезговал вымогательством у местного населения. Он давал убежище беглым мамлюкам разгромленных фракций. Военные действия приносили существенный экономический ущерб. Победители, чтобы возместить свои расходы, устанавливали новые налоги и занимались конфискациями у купцов и ремесленников (аванья), в том числе французских. Незащищенность и вымогательства, так же как упадок традиционных отраслей промышленности, таких как производство полотна и сахара, а также упадок торговли в Индийском океане в XVII и XVIII веках привели к обнищанию Египта.

После смерти Ибрагима Кахиа началась борьба за власть между беями его фракции, в которой одержал верх и получил пост шейх аль-балад молодой военный кавказского происхождения Али-бей, которого Ибрагим Кахиа привез с собой, обучил и всячески продвигал. Вскоре Али-бей продемонстрировал деспотические склонности. Он захотел создать свиту личных сторонников с помощью своих мамлюков и своей правой руки — человека по имени Мухаммед-бей Абу аль-Дахаб[6]. Одновременно он пытался устранить других ведущих беев, которые в марте 1766 года восстали против него и заставили бежать в Палестину. Там он вступил в контакт с фактическим правителем Акки шейхом Захиром аль-Умаром и османским правителем Газы. С помощью последнего он вернулся в Египет. И хотя Али-бей был вынужден вскоре снова покинуть Каир, он вместе с Абу аль-Дахабом смог собрать внушительные силы своих сторонников в Верхнем Египте. С этими силами и с военной помощью от шейха Хумама Али-бей снова вошел в Каир в октябре 1766 года.

В следующем году он подавил всю мамлюкскую оппозицию и выступил против шейха Хумама, который был разбит и вскоре умер. С тех пор арабские племена перестали быть важным фактором в египетской политике и постепенно ассимилировались с крестьянами-феллахами.

Али-бей пришел к соглашению с османскими властями, согласно которому они признали его право на владение доходами, ранее предназначенными для разбитых племен мамлюков, а взамен он согласился выплачивать Порте так называемый хулван — нечто вроде благодарственной взятки. Также он не возражал против выполнения Египтом обязательств по оплате части имперских расходов. В действительности он, сместив двух наместников, в 1768 и 1769 году, и назначив себя каймакамом, прекратил платежи Порте и использовал сэкономленные таким образом деньги на создание собственных вооруженных сил на современной основе. Русско-турецкая война 1769–1774 годов, оказавшаяся катастрофой для Османской империи, в это время уже началась, и султан потребовал от Али-бея, как и от глав других провинций, мобилизовать войска. Он использовал их вместо этого для претворения в жизнь собственных амбиций, которые предвосхитили амбиции Мухаммеда Али-паши в следующем столетии. В 1769 году он выпустил монету, на которой были имена его и султана, тем самым показав, что он намерен лишь номинально признавать верховную власть султана. В 1770 году он вторгся в Хиджаз от имени претендента на власть в Мекке, которого также поддерживала Порта. Военно-морские силы под командованием Абу аль-Дахаба доставили претендента в Мекку, и на какое-то время османское влияние в святых местах сменилось египетским. Затем Али-бей, как и многие египетские правители до него, обратил внимание на Сирию. Он также отправил послания европейским странам с предложением увеличения торговли и просьбой о помощи. Еще он принял эмиссаров русского флота, который вошел в Средиземное море через Гибралтар и уничтожил османский флот в Чесменской битве в июле 1770 года. В конце 1770 года Али-бей послал в Сирию войска под командованием Исмаил-бея, который объединил силы с шейхом Захиром, но не решился атаковать Дамаск. Затем он отправил вторую армию численностью 30.000 человек под командованием Абу аль-Дахаба, который захватил весь город, за исключением крепости, летом 1771 года. Порта, ранее обвинившая Али-бея в предательстве, убедила Абу аль-Дахаба в неправильности восстания в военное время и предложила ему будущее господство в Египте. После короткой оккупации Абу аль-Дахаб ушел из Дамаска и отправился обратно в Каир. В апреле 1772 года он сумел-таки устранить Али-бея, который бежал к шейху Захиру в Акку. Годом позже, получив оружие от русского флота, Али-бей поспешно вернулся в Египет, где был ранен в бою и взят в плен. Неделей позже он умер. Абу аль-Дахаб правил Египтом автономно, но сохранил лояльность к османскому правительству и регулярно платил хулван. Когда Порта после окончания Русско-турецкой войны пожелала избавиться от шейха Захира, Абу аль-Дахаб возглавил мамлюкский контингент, вероятно рассчитывая получить в награду Палестину. Но весной 1775 года он неожиданно умер в Акке, а его войска вернулись в Египет.

В последующей борьбе между мамлюкскими беями сторонами были уже упомянутый Исмаил-бей и два бывших протеже Абу аль-Дахаба, Ибрагим-бей и Мурад-бей. Последние двое сначала были противниками, с 1779 года господствовали на исторической сцене, а с 1784 года образовали дуумвират, в котором попеременно исполняли обязанности шейх аль-балад. Приостановив платежи хулвана и прикарманив соответствующие суммы, они вызвали гнев Порты, которая уже начала испытывать опасения относительно правления мамлюков. В 1786 году экспедиционные силы под командованием капудан-паши Хасана вышли в море и взяли курс на Александрию и Розетту. Разгромив мамлюков, Хасан-паша в августе 1786 года вошел в Каир. Он сделал серьезную попытку остановить злоупотребления и начать реформы на основе Канун-наме Сулеймана I. Он предложил амнистию мамлюкским беям, и некоторые из них присоединились к его войску, но Ибрагим и Мурад ушли в Верхний Египет, а когда турецкие войска начали преследование в направлении Асуана, отошли в Нубию. В то время Османская империя находилась в состоянии войны с Россией и Австрией, поэтому Хасан-паша и его войско в следующем году были отозваны в Европу. Следующие османские наместники снова были бессильными. Исмаил-бей, которого Хасан-паша назначил шейхом аль-балад, удерживал Каир до своей смерти во время эпидемии Чумы 1791 года. Тогда Ибрагим и Мурад снова овладели городом и всем Египтом. Они отменили реформы Хасан-паши, но выразили готовность платить хулван, чего было достаточно, чтобы Порта дала согласие, пусть даже неохотное, на их правление, которое продолжалось до французского вторжения 1798 года.

Назначавшие сами себя мамлюкские правители Египта смогли, таким образом, в ходе XVIII века завоевать фактическую независимость. Они присвоили большую часть доходов, которые ранее отправлялись в Стамбул, а также доходы, остававшиеся в Египте для османских имперских целей — к примеру, на военно-морские базы и флот Красного моря, на ирригационные работы и т. д. Однако они не ослабили налоговый гнет. Современные хроники утверждают, что и крестьяне, и горожане были измотаны в беспрецедентной степени грабительскими налогами и дурным обращением. Земли перестали обрабатываться, население стало уменьшаться. Из-за жалоб французских купцов на злоупотребления мамлюков и явного ослабления османской власти глава французской дипломатии Людовика XV герцог де Шуазёль в 1759 году стал обдумывать возможность французского завоевания Египта как компенсацию за утрату Францией индийских и канадских колоний. Но французская монархия оставалась верной своему давнему союзу с Османским султанатом. Другой знак европейского интереса к Египту — соглашение, заключенное в 1775 году, между Абу аль-Дахабом и британским генерал-губернатором Индии Уорреном Гастингсом, по которому британские корабли должны были допускаться в Суэц. Переговоры вел шотландский путешественник и исследователь Абиссинии Джеймс Брюс. Только все равно ничего не вышло. Дело в том, что караванный путь между Каиром и Суэцем часто был небезопасным, и, кроме того, османское правительство, как защитник святых мест, не одобрило вход чужеземных судов в Красное море. В XVIII веке Британская Ост-Индская компания, помимо торговли с Мохой, смогла послать несколько кораблей в Джидду, и ряд британских путешественников проделали путь из Индии в Европу через Красное море и Египет. Очередные безуспешные попытки открыть этот путь для торговли были сделаны во время правления Ибрагима и Мурада Джорджем Болдуином, британским купцом, ставшим консулом в

Каире (1786–1793), и Карло Россетти, итальянским купцом, бывшим консулом Венеции и Австрии. Потенциальная важность Египта была очевидной. Ее вскоре признал очень могущественный мечтатель Наполеон Бонапарт.