Сначала создалось впечатление, что это событие ликвидировало все угрозы для контроля Тимуридом Абу-Сеидом над западной частью Центральной Азии. Но другие враги тоже смотрели завистливыми глазами на богатство и славу городов Трансоксианы и замышляли агрессию против них. Первый серьезный вызов был брошен Могулистаном, где чагатаидские правители успешно защитили свою независимость от всех нападок Тимура. Территория Могулистана (Земли моголов) тогда включала бассейн Тарима (где располагалась столица Аксу), территорию на северо-востоке вокруг оазиса Турфан и северную гористую зону, протянувшуюся до хребта Алатау и включившую долины Нарына (одного из истоков Сырдарьи), бассейн Иссык-Куля, долину реки Или и ее притоков и бассейн Эби-Нура. Учитывая отсутствие источников, почти ничего нельзя сказать о его тогдашнем населении, разве что можно упомянуть, что вокруг Кашгара жили тюркизированные части племен дулатов (главный район распространения которых находился в Семиречье). Моголы (монголы) на этой территории, как и в других районах, в XIV веке приняли тюркскую речь и исламскую веру. Позже они ассимилировались с казахами.

Избавление от политического давления на западном фланге после смерти Тимура позволило перегруппировать силы Могулистана. Хан Увайс (или Вайс, правил в 1418–1420 годах) начал кампанию по распространению ислама среди язычников-ойратов на реке Или, или калмыков, как они называются в мусульманских источниках. Ему, скорее всего, пришлось нелегко, поскольку его дважды брали в плен. Затем он обратил внимание на внутреннее развитие и заложил основы для развития земледелия в оазисе Турфан. На западной границе, судя по всему, в период его правления было спокойно. После его смерти началась борьба за трон, в которой победил Эсен Буга II, правивший ориентировочно с 1429 до 1462 года. Этот правитель обратил свой взгляд на Трансоксиану и начал серию кампаний, которые какое-то время казались Абу-Сеиду серьезной угрозой. В 1451–1453 годах он разграбил Сайрам (древний Испиджаб), Ташкент и Ясы (позже город Туркестан), но после поражения на реке Талас ему пришлось поспешно отойти на восток, где тем временем начали наступление ойраты. Они совершали набеги на обширной территории, иногда добирались даже до Оксуса (Амударьи). В то время ими командовал весьма энергичный лидер Эсен-тайджи. После смерти последнего в 1455 году Абу-Сеид сумел сдержать силы Могулистана, а позже и вовсе их нейтрализовал. В 1457 году он овладел Гератом, всегда бывшим стратегически важным пунктом, после чего поддержал старшего брата Эсен Бугу Юнуса, как претендента на трон Могулистана. Юнус, однако, не добился больших успехов до смерти брата в 1462 году. А тем временем в 1459 году началась фаза сотрудничества между ойратами и Абу-Сеидом — ойраты прислали свое посольство в Герат. Тем самым цель политики Тимуридов — снятие давления с уязвимого северо-восточного фланга Трансоксианы — на время была достигнута.

Прошло десять лет, прежде чем Юнус, отбив новое вторжение ойратов в Семиречье в 1472 году, наконец стал полноправным наследником своего брата. Но он не смог сократить власть тюркских бегов и их кланов, которые с самого начала правления Эсен Буги обладали реальной властью на обширных территориях Могулистана — в Кагаре, в верховьях Сырдарьи, вокруг Иссык-Куля и Ат-Баши и т. д. Юнус был вынужден уступить юго-западную часть бассейна Тарима, включая Кашгар, Яркенд и Хотан, клану дулатов как своего рода вассальное владение. Дулаты многое сделали для экономического процветания региона, несмотря на братоубийственные междоусобицы в клане, которые продолжались до 1479–1480 годов.

Придя к временному взаимопониманию с дулатами, Юнус стал свободнее действовать на западе, где осуществил обширные завоевания за счет своих былых защитников — Тимуридов. Последние годы он провел в Ташкенте[41]. Он был рад вернуться в цивилизованное городское окружение и умер там в 1486 или 1487 году в возрасте семидесяти лет или около того. После его смерти произошел раздел Могулистана между двумя его сыновьями. Западная часть перешла к Махмуду, который сделал Ташкент своей столицей и успешно отражал нападения теперь ослабевших Тимуридов. Восточным Могулистаном управлял Ахмад, который упорно держался кочевого образа жизни и упорно продолжал войну с Китаем, начатую его отцом, за обладание оазисом Комул (в китайском произношении Хами). Китайцы, прибегнув к торговой блокаде, наконец одержали верх над Ахмадом, и оазис остался у них. Ахмад также требовал Кашгар и Янги-Хисар у дулатов и воевал с ними вплоть до 1499 года, правда, успеха так и не добился.