В 1926 году четырехлетняя Настенька стала внушать тревогу родителям. Она худела с каждым днем. Врач нашел у девочки менингит. Ее поместили в Пастеровский институт, и вдова И. И. Мечникова выхлопотала для матери разрешение находиться при ребенке. Два месяца Елизавета Юрьевна безутешно наблюдала, как угасает ее дочка. 7 марта 1926 года она развлекала девочку, рисуя ее портреты. В тот же день Настюша умерла. Потрясенная Елизавета Юрьевна пишет на клочке бумаги у смертного одра дочери: «…я не знала, что такое раскаянье, а сейчас ужасаюсь, ничтожеству своему. Еще вчера говорила о покровности, все считала властной обнять и покрыть собой, а сейчас знаю, что только молиться-умолять я не смею, потому что просто ничтожна… Рядом с Настей я чувствую, как всю жизнь душа по переулочкам бродила. И сейчас хочу настоящего и очищенного пути, не во имя веры в жизнь, а чтобы оправдать и понять, и принять смерть. Оправдывая и принимая, надо вечно помнить о своем ничтожестве. О чем и как не думай, – большего не создать, чем три слова: «любите друг друга», только до конца и без исключения, и тогда все оправдано и вся жизнь освещена, а иначе мерзость и тяжесть».

Потрясение, пережитое Елизаветой Юрьевной Скобцовой после смерти Настюши, приблизило ее к тому решению, которое она приняла девять лет спустя.