Первоначально это культовое сооружение возвел в 1725 – 1726 гг. великий везир Невшехирли Дамат Ибрагим-паша в честь своего тестя – султана Ахмеда III. Старая мечеть, оснащенная султанской ложей (султан махфили), примыкала к прибрежному дворцу Хюмайунабад и получила такое же название. В 1846 г. по распоряжению султана Абдул-Меджида I дворец снесли, а старая мечеть осталась стоять рядом с общественным парком. Новую мечеть Бебек джами возвели на месте старой в 1913 г. по указанию суперинтенданта благотворительных фондов Мустафы Хайры-эфенди. Возглавил проект Кемаледдин-бей, бывший в то время главным архитектором империи. Сегодня его портрет украшает банкноту в 20 турецких лир.