Мечеть Санджактар Хайреддин, как и многие другие, представляет собой часть бывшего православного монастыря, превращенного османами в мусульманский храм.

Происхождение этого исторического сооружения, находящегося на южном склоне седьмого холма, точно не определено. По одной из легенд, императрица Елена – мать Константина I, возвращаясь с раскопок в Иерусалиме, в ходе которых, по утверждениям хронистов, были обретены Гроб Господень, Животворящий Крест и другие христианские реликвии, оставила в этом месте несколько ваз с ароматическими травами, собранными на Голгофе. Позже она основала здесь женский монастырь, получивший название «Гастрия» (монастырь ваз).

Впервые эта обитель упоминается только в начале IX в. Именно в этот монастырь после своего отречения была удалена Феодора – жена императора-иконоборца Феофила. Церковь обители послужила мавзолеем не только самой Феодоре, но и ее брату, матери и трем дочерям.

Последнее упоминание о монастыре поступило от русских паломников, которые посетили Царьград во второй четверти XV в. Вскоре после падения Константинополя некий Хайреддин Эфенди, санджактар (знаменосец) султана Мехмеда II, преобразовал одно из строений монастыря в небольшую мечеть – месджит. Позже там он и нашел свой последний покой.

Во время землетрясения 1894 г. мечеть была сильно разрушена, восстановили ее только в наши дни.