Церковь Святого Андрея в Крисе на склонах седьмого холма Стамбула, у берега Мраморного моря, имеет сложную историю. По традиции, благочестивая сестра императора Феодосия II, Аркадия, основала в 600 м от ворот Сатурнина женский монастырь во имя Святого Андрея Первозванного. В исторических документах он впервые упоминается в 792 г. как монастырь Андрея в Крисе. После гибели от руки иконоборцев Андрея Критского его мощи были помещены в монастыре со сходным названием, который впоследствии был переосвящен в честь этого преподобномученика.

При Василии I соборная церковь была полностью перестроена. После десятилетий латинского запустения обитель была возобновлена в 1284 г. принявшей здесь постриг племянницей Михаила VIII Феодорой.

Сведения о состоянии «женской церкви» при Палеологах весьма скудны и происходят в основном из путевых записок русских паломников, которые исправно посещали святыню с мощами святого Андрея Критского.

В мечеть Мустафы-паши храм был обращен между 1486 и 1491 гг. по настоянию носившего это имя султанского визиря. Он был казнен в 1512 г., а мечеть передали дервишам. Когда султан Селим I задумал снести мечеть для расширения дворца Топкапы, дервиши воспротивились и тем самым спасли жемчужину византийской архитектуры.

Впрочем, в османский период здание подверглось значительным перестройкам, появились медресе и столпообразный фонтан. После землетрясения 1766 г. был полностью переложен купол, в XIX в. – притвор и изгородь. Последняя по времени реставрация была осуществлена в 1953 г., однако все напластования османского периода были сохранены в неприкосновенности.