Храм выстоял до начала нынешних перемен, и с апреля 1991 года началась его новая жизнь, возобновились богослужения. 16 июля 1992 года, в день праздника перенесения мощей святителя Филиппа, храм был освящен Его Святейшеством, Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II.

В 1993 году было начато восстановление территории храма (церковного двора) – от алтаря были отодвинуты трамвайные пути и на их месте разбит маленький газон. Тем самым было предотвращено дальнейшее разрушение храма от вибрации проходящего трамвая. В этом же году в центральной части церкви была произведена реставрация мозаичного рисунка пола.

^{Карта Москвы 1917 год. Фрагмент}

В сентябре 1993 года под руководством художника-реставратора В. В. Филатова были разработаны эскизы для росписи придела преподобного Сергия Радонежского. В декабре роспись была закончена.

Придел святого Алексия, Человека Божия, расписан под руководством художника-иконописца И. П. Ярославцева.

^{Придел прп. Алексия, Человека Божия с открытыми царскими вратами}

Иконостасы северного и южного приделов были написаны художником-иконописцем из Софрино Н. И. Архиповым.

В 1994 году был освящен придел преподобного Сергия, и в настоящее время богослужения совершаются поочередно во всех алтарях.

^{Придел прп. Сергия Радонежского с открытыми царскими вратами}

Когда была проведена значительная работа по реставрации храма, у настоятеля, тогда еще иерея Марка Клименко, возникла идея духовного единения сибирских земель с Москвой и вскоре она воплотилась в строительстве часовни в честь Сибирских Святых и двух зданий «Сибирского подворья». Строительство всего комплекса было закончено в 1997 году.

^{Внутренний вид часовни в честь Просветителей земли Сибирской}