Освящение вновь построенной церкви было в 1788 году. В 1827 году к трапезной был пристроен второй придел – преподобного Сергия Радонежского на средства князя Долгорукова. В XIX веке на территории храма были построены дома церковнослужителей. В 1889 году купцом Н. Ф. Степановым на территории храма была построена богадельня.

В 1896 году при церкви святителя Филиппа, что в Мещанской слободе была открыта церковно-приходская школа, о чем сообщали Московские церковные ведомости: «…Прошлый 1896–1897 учебный год ознаменовался открытием нескольких новых церковно-приходских школ в Московской епархии, как в самой столице, так и в уездах губернии. В городе Москве, с началом учебного года, открыта церковно-приходская школа в Филипповской, что в Мещанской слободе, церкви. Вновь открытая школа совершает свою деятельность под руководством Совета Кирилло-Мефодиевского братства учителей и учительниц…»

Помимо церковно-приходской школы в приходе церкви существовали Николаевский детский приют Московского благотворительного общества, Городское начальное училище и Железнодорожное училище, где должность законоучителей проходили члены причта Филипповской церкви.

^{Интерьер церкви свт. Филиппа. 2016 год}