Обращает внимание тот факт, что вначале память святителя Филиппа праздновалась Русской Церковью 23 декабря и 17 июля, а при Алексее Михайловиче по царскому распоряжению 1669 года празднования были перенесены на 9 января (память блаженной кончины) и 3 июля (перенесение святых мощей) по старому стилю. Вероятно, ранее святителя почитали за его деяния связанные с его деятельностью в Соловецком монастыре, а не в связи с его кончиной. Современные исследователи полагают, что, возможно, мученической кончины не было. «…Все серьезные ученные признают, что число казненных за все правление царя совпадает с записанными в помяннике Иоанна Васильевича – их чуть больше четырех тысяч. И за каждого, даже за тех, чьи преступления и измены не вызывают сомнений, Государь молился и делал вклады в монастыри. А вот имени митрополита Филиппа в этом царском синодике нет…».

^{Последние минуты митрополита Филиппа. А. Н. Новоскольцев. 1889 год}