Пожаром выжгло в Москве весь Белый город. Правитель Борис Годунов приказал хватать всех подозрительных. И опять поползли слухи. Говорили, будто были схвачены среди прочих слуга Нагих Ванька Михайлов вкупе с банщиком Левкой. И тот банщик, мол, признался, будто получил от Ивана Михайлова деньги и запалил Москву.

В городе перед народом зачитывали царскую грамоту:

«…В пожаре московском повинен Афанасий Нагой. Велел он своим слугам накупить зажигальников и поджечь посад».

— Смерть им! — кричали в толпе.

2 июня думный дьяк Щелканов вышел к духовным чинам еще с одной грамотой. В ней было все то, что доложил царю, вернувшись из Углича, Шуйский: царевич сам закололся в припадке, а братья Нагие народ баламутят, козни против Годунова плетут.

— Царствие небесное почившему Димитрию Иоанновичу, — крестились священники.

— Братья Нагие в измене погрязли, — сказал патриарх Иов, стоявший за Годунова. — А посему кары заслуживают. Да на то есть воля государева. Все в его руке царской.

Государь Федор Иоаннович после долгих уговоров Годунова повелел привезти Нагих в Москву. В столице их доставили прямо на Пытошный двор. Сам правитель пожелал вести дознание.

Напрасно Мария Нагая молила царя простить схваченных братьев. Все было тщетно.

Нагие даже под пыткой кричали, что не виноваты ни в чем. Но Годунов пощады к ним знать не хотел. Семья Нагих была для него помехой. Не миновала злой доли и бывшая царица. Марию насильно постригли в монахини, после чего сослали в далекий Белоозерский монастырь.

Власти отомстили и посадским за бунт. Двести угличан было казнено. Даже колокол, всполошивший народ, был наказан — ему вырвали «язык», обрезали «ухо», сослали в Сибирь.