Как правило, заболевание начинается остро. Общее состояние школьника ухудшается незначительно. Отмечается беспокойное поведение. Появляются умеренные симптомы интоксикации и повышение температуры до 37–38 °C. Это объясняется хорошим оттоком воспалительной мочи и небольшой всасывательной способностью слизистой оболочки мочевого пузыря. Типичными симптомами цистита являются боль в надлобковой области и дизурические явления. Время возникновения болей различно. Они могут быть перед, в начале, в середине, в конце, после и даже вне акта мочеиспускания. Появляется частое (поллакиурия), но малыми порциями, болезненное мочеиспускание с периодичностью от нескольких минут до часов. Характерно возникновение императивных позывов на мочеиспускание. Иногда может быть недержание мочи, чаще ночное.

При легком течении острого цистита после 3–5 дней наступает улучшение и нормализация мочи.

Тяжелое или осложненное течение заболевания характеризуется появлением выраженных симптомов интоксикации и повышением температуры до высоких цифр. В данном случае длительность болезни достигает 12–14 дней и более.