В течение полутора тысячелетий Евангелие от Марии пребывало в полном забвении: цитаты и ссылки на него в известной нам раннехристианской литературе отсутствуют, а текст долгое время был потерян. Лишь в 1896 году немецкий ученый Карл Рейнхардт купил в Каире древнюю рукопись, содержащую большой фрагмент с коптским переводом этого Евангелия. Рукопись относится к началу V века. В течение XX столетия стали известны также два маленьких фрагмента из греческого оригинала, относящиеся к началу III века н.э.

К сожалению, плохая сохранность текста не дает возможности судить о нем сколько–нибудь подробно. Можно выделить два момента. Во–первых, текст философски ориентирован: первая его часть представляет собой рассуждение о природе и конечных судьбах материи, вложенное в уста Воскресшего. Рассуждение проникнуто влиянием платонизма. Во–вторых, текст заострен на тендерную проблематику: он касается женских ролей в церкви. Как замечает гарвардская исследовательница Карен Кинг, с точки зрения автора этого Евангелия, основа для лидерства лежит только в духовной зрелости человека, а не в эфемерных и вторичных вещах вроде его половой принадлежности. Иными словами, вопрос о том, кому подобает встать во главе церковной общины, — мужчине или женщине, — необходимо решать только исходя из индивидуального достоинства или недостоинства, а не отдавая автоматически предпочтение кому–либо на основании пола. Пользуясь современной терминологией, можно сказать, что автор выступает за женское рукоположение. Неслучайна поэтому видная роль Евангелия от Марии в современном феминистском движении.

Представляет ли этот текст историческую ценность как свидетельство об Иисусе из Назарета? Пожалуй, да, но весьма ограниченную: слишком уж поздно оно написано (в начале или середине II века), и слишком уж большую долю творческой фантазии проявил его автор. Философские выкладки о материи, скорее всего, недостоверны, как и описания бесед Марии Магдалины с другими учениками Иисуса. Тем не менее, заслуживают доверия сведения о важной роли Магдалины как одного из ближайших к Иисусу людей и как одного из наставников первохристианской общины.