Для упрощения работы с несколькими файлами можно использовать модуль fileinput. Он позволяет обработать в одном цикле строки всех указанных в командной строке файлов:

import fileinput

for line in fileinput.input():

 process(line)

В случае, когда файлов не задано, обрабатывается стандартный ввод.