Живя в Барнауле, Лаксман познакомился с И.И. Ползуновым. Русские монографы Лаксмана Н.М. Раскин и И.И. Шафрановский указывают, что Ползунов был руководителем Лаксмана в горном деле. Прямых доказательств этому, однако, мы не находим, но в одном из писем Лаксман подробно описывает деятельность замечательного механика.
«Другое лицо, с которым я был знаком — горный механик Иван Ползунов, муж, делающий истинную честь своему отечеству. Он строит теперь огненную машину, совсем отличную от английской и венгерской. Эта машина будет производить в действие посредством огня и без помощи воды меха в плавильнях, которые до сих пор приводились в движение водой. Какая же после того в России будет выгода! Со временем в России (если будет необходимо) можно будет строить заводы на высоких горах и даже в самих шахтах. От этой машины будут действовать 15 печей, а именно 3 трейбофена и 12 рудоплавильных».

Линнея саверная (Linnaea borealis L.)
Во время своего путешествия на восток, к границе Монголии и Китая, где велись поиски тангутского ревеня, Лаксман без устали проводил свои натуралистические исследования. Он собирал растения, семена, коллекции насекомых и всё отправлял в Академию и своим друзьям в Швецию. Коллекции отсылались с караванами, которые вывозили серебро с колыванских заводов.

Гора Ревнюха (Алтайский край). Скала, от которой был отколот монолит яшмы для изготовления «Царь—вазы»
Алтайский период его деятельности, очевидно, был самым плодотворным. Первым из ботаников он поднялся на Тигирекский хребет. Маршрут его лежал к истокам рек Тигирека и Ини. Именно там, на высоте 2000 метров, он нашёл растение, обессмертившее его имя. Это была генциана крупноцветная. Можно вообразить себе тот восторг, который охватил молодого исследователя, когда среди порыжевшей высокогорной тундры он увидел крупные тёмно-синие цветки, цветущие как будто без листьев. Удивительно, что никто из ботаников, куда более славных, чем он сам, не обнаружил это маленькое природное чудо. Из предгорий Алтая, там же на Тигирекском хребте, он описал сиббальдию алтайскую, лютик алтайский, змееголовник алтайский. Наверное, европейским ботаникам и в самом деле трудно было сдерживать своё немалое восхищение при осмотре Лаксмановских коллекций.
Лаксман был теснейшим образом связан со шведскими учёными. Его первый биограф В. Лагус приводит много писем, в которых говорится о материалах, посылаемых Лаксманом в родную Швецию. «Как только успею пересмотреть гербарий и окажется надёжный случай, — сообщает он в очередном письме к Бергиусу — буду иметь честь поднести Вам всё, что могу доставить. Как по ботанике, так и по минералогии я собрал много дублетов, которые предоставляю своим друзьям. В королевскую Академию наук я пошлю Hirundo daurica (даурская ласточка), рисованную с натуры, вполне описанную. Изрядную коллекцию минералов я поднесу ей, как скоро представится к тому удобный случай».
Переписка с Бергиусом, Шлецером, Бекманом и другими шведскими учёными содействовала той известности, которую он получил в Швеции в учёных кругах. Несомненно, этому способствовали и многочисленные посылки семян, гербариев и некоторых минералов в различные шведские научные учреждения и отдельным лицам. Первая его научная статья о даурской ласточке тоже была опубликована в Записках Стокгольмской Академии наук. Линней не ошибся в своём корреспонденте. За научные заслуги в 1769 году Лаксман был выбран действительным членом Стокгольмской Академии наук. Это научное учреждение пользовалось высокой научной репутацией. Среди её членов были Линней и Ломоносов. Вот только зарплаты своим действительным членам эта Академия не платила, в отличие от Петербургской.
Казалось, что научная карьера Лаксмана в России удалась. 26 февраля 1770 года его избирают академиком по кафедре экономии и химии. Эту кафедру с великой пользой для науки возглавляли сначала И. Гмелин, а после него — М. Ломоносов. Конечно, Лаксману не хватало их академических знаний, но он очень старался. Читал лекции, воспитывал учеников, оснащал кабинет химии.
Вся его научная карьера сломалась в одночасье, когда Президент Академии С.Г. Домашнев приказал Лаксману предоставить в его распоряжение некоторые реактивы, а также изготовить термометр. Это не входило в служебные обязанности академика, и Лаксман отказался. Верно, он забыл, что он на службе в российской Академии, где и академики не лучше холопов. Домашнев был в ярости. Лаксману стало совершенно ясно, что оставаться в Академии он не сможет, и он подал в отставку. Используя свои связи, ему удалось получить вроде бы неплохую должность помощника на Нерчинских заводах. Несомненно, в этом назначении он видел возможность продолжать исследования трёх царств. После унизительной сдачи всех материалов, с установлением солдатского караула возле квартиры, бегства из Петербурга, 12 декабря 1780 года он уехал в Нерчинск, чем окончательно разрушил свою академическую карьеру. В следующем году, по предложению Домашнева, Лаксмана перевели в число почётных членов Академии (без жалования), а позже и вовсе исключили из списков Академии. В качестве иностранного члена он был восстановлен уже после смены академического руководства. Всё это сильно обижало Лаксмана, и в письме академику Эйлеру от 21 декабря 1784 года он писал:
«Совершенно неожиданно для меня я увидел недавно у одного приезжего адрес–календарь на этот год и нашёл моё имя среди иностранных членов Имп. Академии. Признаю, что для меня это немалая честь стоять в ряду с людьми, известными всему миру, но, к сожалению, эта честь мне не подабает, ибо я родился в русской провинции и как русский подданный в годы моего обучения всякий раз, когда брал паспорт, должен был давать обязательство о своём возвращении. В отношении моей собственной персоны безразлично, принадлежу ли я к отечественным или иностранным учёным. Но с точки зрения пользы, которую я могу принести Имп. Академии как естествоиспытатель, а также доверия нации к отечественному учёному или иностранцу разница очень значительна. Поэтому, прав я или не прав, я хотел бы, чтоб моё имя впредь, как раньше, стояло между именами моих друзей — г-на коллежского советника Палласа и господина надворного советника Протасова…»
Работа на новом месте не удалась. Нерчинск — прежде всего каторга, и нравы в то время там были каторжные. Начальство безнаказанно воровало, бесчинствовало. Честный и правдивый Лаксман был там всем как кость в горле. По донесению генерала Бекельмана, указом Сената его освободили от занимаемой должности. В письме Г.Ф. Миллеру он перечисляет все беды, свалившиеся на него:
«Итак, я живу без жалования, без покровителей и должен теперь начинать добывать себе пропитание трудом рук своих, после того как 20 лет пользовался известностью в учёном мире и отдавал науке свои способности. Так приходится честному человеку терпеть оскорбления от самодура, который возвеличился лакейскими услугами, без подвигов, за счет других героев и полагаться только на своего шурина. Поверьте мне, я не прожил здесь ни одного дня без притеснений. Всем моим начинаниям ставилось препятствие. Кто может всё это рассказать?
...Подумать только! Сколько есть у меня друзей в Петербурге! Сколько естествоиспытателей во всей Европе! И ни от кого я не получил ни строчки, как будто я уже никуда не годен. Никто не замолвит за меня ни слова, никому нет дела до моей участи! Таков свет. Мои друзья, наверно, с улыбкой получают редкие и прекрасные натуралии и ведут об этом весёлый разговор за бокалом вина или чашкой кофе».
Это письмо очень яркое, горькое и правдивое. Пятьдесят лет назад так же унижали Гмелина, Стеллера, Крашенинникова. Интеллект и научные заслуги в сибирской глуши ничего не значили. Бесчинствующих чиновников несколько пугали указы Сената, но человек, лишившийся и этой поддержки, становился щепкой в житейском море.
В то время у Лаксмана уже было восемь детей: двое мальчиков от первой жены и остальные шесть — от второй. Поэтому он не гнушается никакой работой. Переменив несколько мест, он становится исправником в Нерчинске. И, несмотря на житейские потрясения, продолжает оставаться естествоиспытателем. Именно в эти годы он собирает коллекцию растений и со своими уже подрастающими сыновьями отправляет её в Петербург высокопоставленным особам, среди которых будущий император Павел I. Этот дар имел свои последствия — отношение к Лаксману изменяется к лучшему. В Академии тоже произошли некоторые события: академики взбунтовались против Домашнева и отказались ему подчиняться. На его место была назначена княгиня Екатерина Дашкова. Лаксману не вернули место действительного академика, но назначили «минералогическим путешественником» при императорском кабинете, деятельность которого заключалась в поиске и доставке в Петербург поделочных камней и самоцветов для царской семьи. С него сняли все обвинения в служебных «проступках» и назначили оклад в 600 рублей.
Окрылённый Лаксман покидает опостылевший Нерчинск и отправляется в Иркутск — тогдашнюю столицу Сибири. Именно здесь, за 8 000 километров от Петербурга, он встречается с другим учеником Линнея — А.М. Карамышевым. Тот уже не занимался ботаникой, а исполнял должность директора банковской конторы, что не мешало ему превосходно знать растения Сибири.
Недалеко от Иркутска, в сельце Тальцинском, Лаксман построил завод по производству стекла, который, надо сказать, просуществовал довольно долго и был едва ли не единственным в Восточной Сибири. Но самое знаменательное — его компаньоном в строительстве завода был купец А.А. Баранов, тот самый, который станет вскоре властителем Аляски и расширит владения Российской империи до Калифорнии. Именно знания, которые Баранов получил от Лаксмана, помогли ему выжить в Северной Америке, наладить добычу угля и начать плавить медь. Уезжая из Иркутска, Баранов оставил свою долю в Тальцинском стекольном заводе и долгие годы состоял в переписке с Лаксманом.
Но это уже другая ниточка, намечающая другую неботаническую арабеску, такую же прекрасную, таящую неожиданные находки и переплетение судеб.
Благосклонность нового президента Академии вдохновила Лаксмана на дальнейшие открытия. Для Дашковой он собирает камни, животных, растения. В этот период им был найден способ посадки растений с мёрзлым комом, который переоткроют через полтора столетия. Вот как он сам его описывает в письме из Иркутска от 8 апреля: «...считаю своим долгом описать найденный мною очень простой способ надёжной перевозки сибирских растений. Моё мнение по этому вопросу расходится с мнением различных знаменитых учёных–садоводов. Их предписания утверждали следующее: нужно растения осторожно вынуть из земли, стараясь, насколько возможно, не повредить корни, удалить почти всю землю, окружающую их нити, обложить их сухим мхом, обвязать и, покрыв снаружи мягким мхом, упаковать в ящики. Чтоб познакомить меня со всеми этими приёмами, они даже взяли на себя труд переслать ко мне различные русские растения, упакованные по правилам. Но мне каждый раз так везло, что ни один корень я не получал неповреждённым.
Я же в течение многих лет пользовался следующим способом и убедился в его надёжности. Зимой, когда земля промерзает как камень, я вырубаю дёрн так глубоко, как это требуют в нём находящиеся корни, упаковываю их как можно плотнее в ящик и отправляю.
Прошедшей зимой я вырубил дёрн с различными корнями в последние дни ноября, чтобы выставить их на ещё больший холод, и оставил их на целых четыре месяца лежать на моей крыше. В последние дни марта я посадил дёрн с Trollius, Anemona, Narcissiflora, Corthusa, Mattioli в ящики и имел удовольствие видеть, что все эти корни благополучно проросли и, более того, упавшие на этот дёрн семена различных однолетних трав тоже проросли...»
Этот способ Лаксмана позволял транспортировать растения в течение всей длинной сибирской зимы. Жаль, что это не пришло в голову Стеллеру. Большинство растений, которые он вёз живыми из Сибири, в пути помёрзли, и он вынужден был их бросить в Соликамске.
В настоящее время способ Лаксмана широко используется в садовом строительстве. Особенно при пересадке крупномерных хвойных растений. Для этого на питомнике в феврале тракторной фрезой вырезают монолит почвы с корнями. Захватывают растение с комом краном и грузят на машину. Потом в заранее приготовленные ямы ставят вырезанные растения. При этом достигается их полная сохранность и приживаемость. Жаль, что никто из озеленителей не знает автора этого остроумного метода.
Лаксман стремился попасть на берег Тихого океана и там осмотреть натуралии трёх царств. Его мечта не сбылась. И тем не менее, Лаксман и здесь оказал России неоценимую услугу. В Иркутске он познакомился с японским купцом, которого спасли русские рыбаки. Из разговоров с ним у Лаксмана возникла мысль о возможности России завязать торговые отношения с Японией. Он подал соответствующую записку Екатерине II, она и возложила на него организацию этой экспедиции. Начальником и уполномоченным по делам Лаксман поставил своего сына, поручика Адама Лаксмана. Миссия прошла успешно, и Адам вернулся в Россию. В подарок Императрице японский Император прислал три сабли. Екатерина II разрешила изобразить их на семейной печати Лаксманов.

Личная печать Э.Г. Лаксмана
Лаксману всю жизнь недоставало образования, широты знаний, эрудиции и светского воспитания. Он был странником как в огромном мире науке, так и на просторах Сибири, кочующим и не находящим пристанища. Его открытия есть в ботанике, зоологии, метеорологии, горном деле, химии, технологии, садоводстве и так далее, и так далее. Он удивлялся многообразию природы и от этого получал истинное удовольствие.
Его биограф Мангус писал о его кончине: «У одной ямской станции, в 118 верстах от Тобольска, надо было переменить лошадей. Сани остановились. Ездок не показывался. Его вынесли из саней умирающим, а может быть и умершим. С ним случился апоплексический удар. Это случилось 5 (16) января 1796 года». Эрик Лаксман умер на станции Дресвянской, у реки Валай, впадающей в Иртыш. И более ничего о его кончине не известно.